神社的創建年份不詳，但最早的書面記錄可以追溯至公元927年。據說很久很久以前，這片土地的所有者在農耕之前與百姓們分食了牛肉。神靈得知後大怒，招來蝗災作為懲罰。為平息神靈的怒火，百姓們供奉了白豬、白雞以及白馬。之後神靈便傳授瞭如何用麻葉、鳥扇以及男根去除蝗災的方法。至此，神社內便開始供奉男根了。
這裡主要護佑的是生育相關的祈願。同時由於生育與生機息息相關，因此這裡也護佑生意興隆，五穀豐登。神社內的各處裝飾都與男根密不可分。也因此這裡被戲稱為男根神社。