穂高神社は安曇野の周囲を取り巻く日本アルプスとの関係が深く、「日本アルプスの総鎮守（日本アルプスの守り神という意）」と呼ばれている。
鳥居のそばには参拝前に手を清めるための手水舎があるが、日本アルプスの雪解け水を地下から組み上げたものであり、澄んだ水が美しい。広い境内からは、険しい日本アルプスの山並みを眺めることができる。